Ab dem Frühjahr 1941 übernahm die Heil- und Pflegeanstalt die Funktion einer Sammelanstalt. Als am 20. März 1941 im Rahmen eines zweiten Transportes 92 Menschen weggebracht wurden, handelte es sich bei 49 um PatientInnen aus der Haller Anstalt. 20 Personen waren kurz vorher aus dem Versorgungshaus Nassereith und zwölf aus dem Versorgungshaus Imst nach Hall gebracht worden. Elf Patienten kamen ursprünglich aus der Vorarlberger Anstalt Valduna. Von Seiten des Anstaltsdirektors Dr. Ernst Klebelsberg gab es diesmal kaum noch Widerspruch. Offensichtlich hatte man bereits bei der Erstellung der Transportliste auf seine möglichen Einwände Rücksicht genommen. Zielort des Transportes war wiederum die Tötungsanstalt Hartheim.