Anfang Dezember 1940 erhielt Anstaltsdirektor Dr. Ernst Klebelsberg Listen mit den Namen von 291 zum Abtransport vorgesehenen PatientInnen. Seiner Ansicht nach waren manche dieser PatientInnen nicht unheilbar krank oder verrichteten für den Anstaltsbetrieb wichtige Tätigkeiten. Er protestierte daher gemeinsam mit Dr. Helmut Scharfetter, dem Vorstand der Psychiatrisch-Neurologischen Klinik in Innsbruck, bei Dr. Hans Czermak, dem Leiter der Abteilung III für „Volkspflege“ beim Reichsstatthalter in Innsbruck. Klebelsberg wurde bevollmächtigt, die nach seiner Einschätzung arbeitsfähigen und heilbaren PatientInnen von der Liste zu streichen. Letztlich wurden am 10. Dezember 1940 in einem ersten Transport 179 PatientInnen in die Tötungsanstalt Hartheim gebracht und dort mit Giftgas ermordet. Für etwa 80 PatientInnen hatte Klebelsbergs Streichung die Rettung bedeutet. Von diesem Transport waren ausschließlich StammpatientInnen aus Hall betroffen.