Für die Planung und Umsetzung des Krankenmordes war eine bürokratische Struktur notwendig. In der Kanzlei des Führers wurde daher die sogenannte Zentraldienststelle geschaffen. Diese war in einer Villa in der Berliner Tiergartenstraße 4 untergebracht. Von dieser Adresse leitet sich die Bezeichnung „Aktion T4“ ab. Ab Herbst 1939 wurden sämtliche Heil- und Pflegeanstalten sowie ähnliche Betreuungseinrichtungen erfasst. Zudem wollten sich die zuständigen Stellen einen Überblick über jeden einzelnen dort versorgten Menschen verschaffen. Dazu erhielten die Anstaltsleitungen in der Regel Meldebögen zugesandt. Diese dienten der Zentraldienststelle als Basis zur Erstellung von Transportlisten. Wenig später brachte man die zur Ermordung ausgewählten PatientInnen in eine von sechs Tötungsanstalten. Für die „Ostmark“ und somit auch für die Heil- und Pflegeanstalt Hall war die Tötungsanstalt Hartheim bei Linz zuständig.

Mit zunehmender Dauer der „Aktion T4“ und immer größeren Opferzahlen war die beabsichtigte Geheimhaltung kaum mehr möglich. Gerüchte führten zu Beunruhigung und wachsendem Unmut in der Bevölkerung. Dies war ein wichtiger Faktor, dass die „Aktion T4“ am 24. August 1941 auf Hitlers mündliche Verfügung hin gestoppt wurde. Dazu hatten auch Predigten des Bischofs von Münster, Clemens August Graf von Galen, beigetragen, in denen er die Morde ansprach. Bis zum Abbruch der „Aktion T4“ wurden rund 70.000 Frauen, Männer, Jugendliche und Kinder in den Gaskammern ermordet. Unter ihnen auch 300 PatientInnen aus der Heil- und Pflegeanstalt Hall.