Anfang September 1940 sichtete eine externe Ärztekommission unter der Leitung von Dr. Friedrich Mennecke die Krankengeschichten der PatientInnen der Heil- und Pflegeanstalt Hall und füllte Meldebögen aus. Diese Erfassung der PatientInnen war die Grundlage für die späteren Transporte. Von der Heil- und Pflegeanstalt Hall gingen in weiterer Folge zwischen Dezember 1939 und Mai 1941 drei Transporte in die Tötungsanstalt Hartheim bei Linz ab. Die Besonderheit dabei war, dass Anstaltsdirektor Dr. Ernst Klebelsberg einen erheblichen Einfluss auf die Transportlisten gewinnen konnte. Im Frühjahr 1941 übernahm die Haller Psychiatrie im Rahmen der „Aktion T4“ die Funktion einer Sammelanstalt. Zur Vorbereitung späterer Transporte wurden ausgewählte „Pfleglinge“ aus den Versorgungshäusern Nassereith, Imst und Ried im Oberinntal nach Hall überstellt. Wegen der geplanten Nutzung der Vorarlberger Anstalt Valduna als Kriegslazarett, verlegte man 228 Valduna-PatientInnen ebenfalls in die Haller Anstalt, die nun für die Versorgung der Vorarlberger PatientInnen zuständig war. Einige dieser Menschen waren später von den Todestransporten betroffen.

Insgesamt wurden von der Heil- und Pflegeanstalt Hall im Rahmen der „Aktion T4“ 300 PatientInnen nach Hartheim bei Linz gebracht und dort ermordet. Knapp ein Jahr nach dem Stopp der „Aktion T4“ im August 1941 wurden weitere 60 PatientInnen in die Heil- und Pflegeanstalt Niederhart in Linz deportiert und ermordet. Der vierte und letzte Transport fällt allerdings in die Phase der dezentralen Euthanasie.

- Der erste Transport mit 179 PatientInnen erfolgte am 10. Dezember 1940.

- Der zweite Transport ging mit 92 PatientInnen am 20. März 1941 von Hall ab.

- Auf dem dritten Transport am 29. Mai 1941 befanden sich 29 PatientInnen.

- Im August 1942 kam es zu einem vierten und letzten Abtransport von weiteren 60 PatientInnen aus Hall.

Neben der Heil- und Pflegeanstalt Hall waren im Gau Tirol-Vorarlberg auch noch weitere Einrichtungen von der „Aktion T4“ betroffen.